建议你乘坐地铁到圆明园站下，上午先参观清华大学，呵呵，我们学校是北大校园面积的两倍，可游玩的地方不比隔壁学校少~~虽然有些自卖自夸的嫌疑……
之所以推荐上午来的原因是因为前不久校园出了一个新规定，就是清华西门在下午四点半之后不允许游客进入，虽然其余几个校门不怎么严格限制，但是对于很多游客来说，西门是一个必去的地方，所以如果安排在下午有可能会因为时间问题无法进入校园，那就比较可惜了。
上午去参观清华的话，从西门进去，走到二校门，进入，在那个附近参观，二校门——一教——日晷——清华学堂——大礼堂——图书馆——科学馆——闻一多像——水木清华——工字厅——古月堂——荷塘——近春园。这样已经把学校做漂亮的风景看完了，至于六教、紫荆公寓等地方离得相对较远，对于游客来说，如果不是带着孩子来想要进行教育激励的话，去不去其实无所谓了。这样基本一上午是可以转完上述景点的，而且如果可能的话，中午在清华吃饭也不错，万人食堂离得比较近的，如果去的话，还可以顺路看下情人坡，现在的草坪特别绿，但万人食堂很多地方只能使用饭卡，所以可以尝试借学生饭卡或者去可以使用现金的永和用餐。
这样中午饭后还是从西门走出校园，向南走一站地就可以从北大东门进入参观，至于北大的景色我就不太熟悉了，但是像北大图书馆，博雅塔，未名湖等著名景点还是值得一看的。一下午的时间也是足够的。
其实这两个学校一上午和一下午的时间很有可能参观不完，如果不是走马观花式的话，如果还想把圆明园加上的话，我建议从清华出来直接向西走，从圆明园南门进入圆明园参观，然后再从南门出来，向南前往北大，这样走的路程应该是最短的，当然，这样导致的后果就是可能参观北大的时间会不多。因此还是希望你能根据自己的兴趣对路线进行下调节，让自己能玩得更好更嗨皮。
另外想说的是，清华校庆时间已过，现在的时限禁令是为了限制下游客数量，而且现在校园中大兴土木以迎接百年校庆，所以有很多地方在修缮，所以景色可能会有所折扣，希望你能够理解。